Esta década llega fresca para el director quien, de la mano de Victoria Abril, filmó Tacones Lejanos (1990) y Kika (1993) como su protagonista, tras su ruptura con Carmen Maura.

Se rumora que con Maura tuvo numerosas fricciones durante el rodaje de Mujeres... y que el director le dio el 'tiro de gracia' al llevar del brazo a la actriz Bibi Andersen a la ceremonia del Óscar y, aparentemente, mandar a Maura al 'gallinero' a ver la gala.
 
Carne Trémula (1997) y La Flor de mi Secreto (1995) se añaden a su filmografía y aunque son bien recibidas, aún está por llegar una de sus cintas más celebradas: Todo sobre mi Madre (1999), inspirada en medio del luto por la muerte de doña Paquita Caballero, su madre.

La cinta, ambientada en Barcelona, ganaría el Óscar a Mejor Película Extranjera en el 2000.